Het Elahuizen dat we nu kennen is eigenlijk het buurdorpje Nijega, Het oorspronkelijke dorp Elahuizen werd in 1680 namelijk verzwolgen door de golven, daarna is het dorp verplaatst naar een nieuwe polder. Het nieuwe dorp heette eerst Nijega, maar werd later toch weer Elahuizen genoemd.
In 1857 werd de oude, bouwvallige kerk van Nijega afgebroken en er kwam een nieuwe voor in de plaats. Die brandde echter 7 jaar later alweer geheel af toen de kerktoren door bliksem werd getroffen. Direct daarna werd begonnen met de huidige kerk. De in Waterstaatstijl gebouwde kerk werd met de toenmalige middelen in razend tempo gebouwd en was een paar maanden na de brand alweer gereed voor gebruik.
Een Waterstaatskerk is een kerkgebouw uit de 19e eeuw dat onder toezicht - en vaak ook naar ontwerp - van ingenieurs van Rijkswaterstaat werd gebouwd, veelal met financiële steun van de landelijke overheid
Aan de buitenzijde van de kerk, is een grafzerk uit 1734 van een voormalig predikant te vinden, dit is het enige overblijsel van de twee voorgaande kerkgebouwen.
